Antigua posta de paso situada a mitad de camino entre el Arroyo de la China -en Concepción del Uruguay- y la Bajada del Paraná, lo que hoy es la ciudad de Villaguay tuvo su origen formal durante el gobierno provincial de Mansilla, quien autorizara allá a inicios del siglo XIX la compra de una manzana de terreno para la construcción de una capilla, casa parroquial y cementerio.
Se establecería posteriormente como fecha de origen histórico al 20 de noviembre de 1823, día en el que el por entonces gobernador Lucio Norberto Mansilla autorizó a la Comisión Protectora del Templo, formada por vecinos afincados entre los arroyos Villaguay y Bergara, a adquirir de Manuela Araujo, viuda de Ziaurri Naparra una cuadra de terreno para edificar allí una capilla, la casa del cura y el cementerio. Las hipótesis hablaban de una posta de mitad de camino, entre el Arroyo de la China (Concepción del Uruguay) y la Baxada del Paraná.
Varios historiadores aseguran que ese punto geográfico era un paso obligado para quienes querían cruzar el río Gualeguay por el centro de la provincia. Según se supone, un caserío difuso se asentó entre los arroyos Villaguay y Bergara, donde hoy pueden verse la ruta hacia Villa Domínguez, la estación de ferrocarril Villaguay Este y la escuela agrotécnica Justo José de Urquiza. Las reiteradas inundaciones obligarían a la gente a trasladarse hacia donde hoy está la ciudad. La ordenanza de aprobación que estableció la fecha de origen histórico vendría recién por parte del Concejo Deliberante el 20 de mayo de 1993.
En 1833 cuando el caudillo Crispín Velásquez decidió llevar la parte cívica al poblado, ellos adoptaron a santa Rosa de Lima como santa patrona, se cree que porque pertenece a la orden de los curas que en ese momento estaban en la capilla. Desde entonces, la ciudad pasó a llamarse Santa Rosa de Villaguay.
Una vez fundada la plaza que actualmente lleva el nombre de 25 de Mayo, el caserío comenzó a crecer alrededor. Por ley del 20 de abril de 1872 se estableció el ejido de la población.
La municipalidad de Villaguay fue creada por ley promulgada el 28 de mayo de 1872, e instalada el 1 de enero de 1873 luego de realizarse elecciones; siendo su primer intendente Vicente Vilches.
